العُقاب المنقط الكبير هو من الطيور الجارحة على قمة الهرم الغذائي. ومن هذا الموقع، فإن صحة مجاميعه هي بمنزلة مؤشر على صحة البيئة التي تعيش فيها هذه الجوارح، ومدى توافر الأنواع الأخرى في موئلها. ومع تناقص أعداد العُقاب المنقط الكبير فإن في ذلك إشارةً إلى أن نوعية موئلها الرئيس (الأراضي الرطبة والغابات الرطبة) وانتشارها مهددة بفعل التنمية البشرية.

في مناطقه الشتوية، يعيش العُقاب المنقط الكبير في الأراضي الرطبة. وتتعرض مثل هذه الأراضي الرطبة للتهديد من جراء التنمية العمرانية، فضلاً عن أن هذه موائل نادرة طبيعياً في شبه الجزيرة العربية، وهي جافة في الغالب. ويتكاثر العُقاب المنقط (المرقط) الكبير في الغابات الرطبة في أقصى شرق أوروبا ووسط آسيا. تعاني هذه الغابات والأراضي الحرجية الرطبة مشكلةَ قطع الأخشاب وتحويلِها إلى مساحات زراعية، مما يعرض العُقاب المنقط الكبير للخطر.

تموت نسبة كبيرة من العُقبان المنقطة الكبيرة، مثل الأنواع الجارحة الأخرى، وهي لا تزال صغيرة (خلال السنة الأولى). وهذا أمر طبيعي إلى حد ما لأن النجاح في الاستمرار في الحياة يكون صعباً بالنسبة إلى العُقبان الصغيرة. إذ تغادر الفراخ أعشاشها، وتتعلم الصيد، ثم تغادر في هجرة طويلة ومحفوفة بالمخاطر آلاف الكيلومترات، للوصول إلى أراضٍ رطبة مناسبة لقضاء فصل الشتاء، ويجب كذلك أن تدافع عن نفسها. وإذا نجا العُقاب في تلك السنة الأولى وعاش ليصل إلى سن "الشيخوخة"، فقد يعيش ما بين 20 و25 عاماً.

يُعتقد أن التهديد الرئيس الذي يواجه العقاب المنقط الكبير هو فقدان الموائل. فأراضي مناطق التكاثر تُحول فيها الأراضي الحرجية الرطبة إلى أراضٍ زراعية. أما المناطق الشتوية التي يهاجر إليها فكثير من هذي المناطق الرطبة النادرة تخضع للتجفيف والتطوير العمراني. ويؤدي فقدان هذه الموائل إلى تدهور أعداد الفرائس التي تعتمد عليها العقبان كغذاء لها. أما التهديدات الأخرى فتشمل الصعق بالكهرباء والصيد الجائر والتسمم العرَضي. في الواقع إن عقاباً منقطاً كبيراً واحداً من التي تعقبناها من الكويت، مات على ما يبدو بسبب الصعق الكهربائي في إيران في أثناء هجرته شمالًا.

تعمل أجهزة التتبع بالطاقة الشمسية، لذا نظرياً يمكن أن تستمر في العمل سنوات عديدة. وإضافة إلى معلومات الموقع الجغرافي GPS، توفر الأجهزة معلومات حول السرعة والعجلة ودرجة الحرارة وما إلى ذلك. يمكن أن تشير هذه البيانات إلى سلوكيات (مثل الطيران أو التغذِّي أو الموت). عندما تكون الأجهزة مشحونة بالكامل، يمكنها جمع البيانات بمعدل نقطة واحدة لكل ثانية، مما يوفر معلومات مفصلة عن أنماط الطيران التي قد تساعد، على سبيل المثال، على تصميم مواقع مع توربينات الرياح أو خطوط طيران الطائرات لمنع اصطدام الطيور بها في أثناء طيرانها.